วัดสระแก้ว เป็นวัดเก่าแก่คู่บ้านคู่เมืองของอำเภอพิบูลมังสาหาร เดิมพื้นที่เป็นบริเวณ ปราสาทหินโบราณ อยู่ติดกับริมแม่น้ำมูลบริเวณ แก่งสะพือ ซึ่งมี สระน้ำโบราณ เชื่อว่าเป็นแหล่งน้ำศักดิ์สิทธิ์ บางครั้งจะมีแสงคล้ายลูกแก้วลอยขึ้นจากสระน้ำโบราณพุ่งไปทางทิศตะวันตกประมาณ 1 กิโลเมตร แล้วลอยลงบริเวณ เนินภูเขาดิน หรือบางครั้งก็ลอยขึ้นจากเนินภูเขาดินมาลงที่สระน้ำโบราณ เมื่อมีการสร้างวัดขึ้นบริเวณทั้งสองแห่งนี้ จึงตั้งชื่อว่า วัดสระแก้ว และ วัดภูเขาแก้ว

ปี พ.ศ. 2402 พระพรหมราชวงศา (กุทอง) เจ้าเมืองอุบลราชธานี คนที่ 3 เห็นว่า ในจำนวนบุตรทั้งหมดมีหลายคนซึ่งพอจะเป็น เจ้าเมือง อุปฮาด (อุปราช) ราชวงศ์ ราชบุตร ทำราชการให้แก่บ้านเมืองได้ จึงได้หมอบหมายให้ ท้าวธรรมกิติกา (จูมมณี), ท้าวโพธิสาราช (เสือ), ท้าวสีฐาน (สาง) ซึ่งทั้ง 3 คนนี้เป็นบุตรที่เกิดจากหม่อมหมาแพงภรรยาคนที่ 2 ของ พระพรหมราชวงศา (กุทอง) และ ท้าวขัติยะ (ผู) ซึ่งเป็นน้องต่างมารดาของท้าวธรรมกิติกา (จูมมณี) เมื่อปรึกษาเป็นที่ตกลงกันแล้ว จึงสั่งให้จัดเรือและคนชำนาญร่องน้ำเพื่อหาสถานที่สร้างเมืองใหม่ โดยล่องเรือไปทางทิศตะวันออกตามลำแม่น้ำมูล จนมาถึงบริเวณ แก่งสะพือ ได้สำรวจภูมิประเทศฝั่งขวาของแม่น้ำมูล ทางทิศตะวันตกของแก่งสะพือ เมื่อเห็นว่าภูมิสถานเหมาะแก่การตั้งบ้านเมืองได้ จึงทำการบุกเบิกป่าเพื่อสร้างเมืองพิบูลมังสาหารขึ้น

ปี พ.ศ. 2406 พระพรหมราชวงศา (กุทอง) เจ้าเมืองอุบลราชธานีคนที่ 3 และ ท่านพันธุโล (ดี) พระมหาเถระผู้สถาปนาคณะสงฆ์ธรรมยุติกนิกายในจังหวัดอุบลราชธานีและภาคอีสาน ซึงดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาสวัดสุปัฏนารามวรวิหารในขณะนั้น ได้พิจารณาหาที่ตั้งวัดและเห็นว่า ภูมิสถานด้านตะวันออกเมืองพิบูลมังสาหารสมควรตั้งวัด ด้วยมีโบราณสถานและโบราณวัตถุสำคัญอยู่ก่อนแล้ว จึงมอบหมายให้ ท้าวธรรมกิติกา (จูมมณี) และ ท้าวสีฐาน (สาง) เป็นกำลังสำคัญในการสร้างวัดขึ้น โดยมี ท่านพนฺธุโล (ดี) เป็นเจ้าอาวาสรูปแรกและเป็นวัดคณะสงฆ์ธรรมยุติกนิกายแห่งที่ 5 ของจังหวัดอุบลราชธานีและภาคอีสาน ซึ่งในปีเดียวกันนี้ ท้าวธรรมกิติกา (จูมมณี) ได้รับโปรดเกล้าฯแต่งตั้งเป็น พระบำรุงราษฎร์ (จูมมณี) เจ้าเมืองพิบูลมังสาหาร ได้สร้างศาลาโรงธรรม กุฎิ สิม(โบสถ์)น้ำกลางสระแก้วหรือสระน้ำโบราณเป็นที่สังฆกรรมของพระภิกษุสงฆ์ ซึ่ง สระแก้ว หรือ สระน้ำโบราณ อยู่ทางทิศเหนือของวัดในปัจจุบัน

ท่านพนฺธุโล (ดี) ถือเป็น ปุราณสหธรรมิก พระภิกษุรวมสำนักในพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ขณะที่พระองค์ทรงผนวชและได้ทรงตั้งคณะสงฆ์ "ธรรมยุติกนิกาย" ขึ้นในประเทศไทย ต่อมาท่านพนฺธุโล (ดี) ได้นำขนบธรรมเนียมประพฤติปฏิบัติของคณะสงฆ์ธรรมยุติกนิกายมาเผยแผ่ที่จังหวัดอุบลราชธานี โดยมี พระพรหมราชวงศา (กุทอง) เจ้าเมืองอุบลราชธานี คนที่ 3 ได้มีความเลื่อมใสศรัทธาในพระสงฆ์ คณะธรรมยุต จึงได้สร้างวัดสุปัฏนารามวรวิหารให้เป็นสำนักของ ท่านพนฺธุโล (ดี) และคณะ จึงถือได้ว่า วัดสุปัฏนารามวรวิหาร จังหวัดอุบลราชธานี เป็นวัดแรกของคณะสงฆ์ธรรมยุตหรือธรรมยุติกนิกายในภาคอีสาน และเป็นการเริ่มต้นของคณะสงฆ์ธรรมยุติกนิกายในภาคอีสานอีกด้วย หลังจากนั้นคณะสงฆ์ธรรมยุติกนิกายจึงได้แพร่หลายในจังหวัดอุบลราชธานีและภาคอีสานสืบต่อมาจนถึงปัจจุบัน

เหตุที่ ท่านพนฺธุโล (ดี) รับเป็นเจ้าอาวาสรูปแรกด้วยตนเองนั้น เพราะ พระบำรุงราษฎร์ (จูมมณี) เจ้าเมืองพิบูลมังสาหาร เป็นศิษย์ที่ท่านโปรดปรานและให้ความเมตตาเป็นอย่างมาก และในปัจฉิมวัยของ ท่านพนฺธุโล (ดี) ก็ได้มรณภาพ ณ วัดสระแก้ว อำเภอพิบูลมังสาหาร จังหวัดอุบลราชธานี แห่งนี้